Cela fait plus de six semaines que Kate épie les faits et gestes de Jason Marks, un proche du sénateur Bracken. Une nuit, dans une ruelle, Jason Marks arrive et au même moment, une voiture s'arrête à la hauteur de ce dernier et l'embarque. Au matin, Jason Marks est retrouvé sans vie. Kate est surprise de voir son seul lien avec le sénateur Bracken disparaître. Elle refuse de dire à Lanie, Esposito et Ryan, qu'elle et Castle enquêtaient sur lui. L'équipe découvre que le conducteur qui conduisait la voiture est nul autre que Vulcan Simmons. Gates retire alors l'affaire à Beckett. Dans la même journée, Ryan informe Kate qu'ils doivent libérer Vulcan Simmons, faute de preuves solides. Ils n'ont aussi pas retrouvé la scène du crime ou le véhicule dans lequel Jason Mark a embarqué le soir du meurtre. Kate regarde les photos des lieux qu'elle a prises et qui se retrouvent près de l'endroit où le corps de Jason a été retrouvé. Elle trouve un atelier de réparation pour camion et sans le dire à Richard, elle se rend sur les lieux en pleine nuit. Elle finit par trouver le véhicule et la preuve que Vulcan Simmons a bel et bien tué Jason Marks, mais Simmons, qui l'attendait, la dissuade de faire quoi que ce soit.
Au petit matin, Richard est réveillé par son téléphone portable. Esposito lui annonce que Kate peut enquêter sur la mort de Jason Marks et que Vulcan Simmons a été assassiné. Castle découvre que Kate n'a pas dormi dans son lit. Au commissariat, Kate reçoit un appel de Lanie l'avertissant qu'elle a retrouvé une balle dans la colonne vertébrale de Vulcan. Cette balle a été vite associée à une arme, celle de Beckett. L'officier Donovan des enquêtes internes arrive au poste de police et tente d'arrêter Kate qui réussit à prendre la fuite. Castle révèle à temps à Esposito et Ryan, l'enquête qu'ils menaient à propos de Jason Marks et du sénateur Bracken, avant de se faire mettre à la porte du commissariat. Esposito et Ryan révèlent à Victoria, l'investigation de Richard et Kate à propos de la mort de la mère de cette dernière.
En fuite, Kate retrouve Richard, aidés par Esposito et Ryan. Ils apprennent que Michael Smith n'est pas mort. Ils tentent de le retrouver, mais c'est Smith qui les rejoint le premier. Il révèle qu'il existe une cassette audio où Bracken avoue avoir escroqué, fraudé et tué des personnes, dont Johanna Beckett mais il ignore où se trouve cette cassette audio. Il leur donne un dernier conseil, celui de disparaître, avant de le faire à son tour. Richard trouve un hôtel où passer la nuit incognito. Bien vite, le sénateur et ses hommes retrouvent Kate dans l'hôtel. Kate demande à Bracken qu'il la tue sur le champ, mais celui-ci refuse, trop intelligent pour le faire lui-même. Après le départ de Bracken, Kate réussit à tuer les deux hommes de Bracken qui voulaient l'assassiner. Avant de mourir, l'un d'eux la frappe avec une bouteille. Blessée, Kate s'évanouit, mais Castle la retrouve, la soigne et prend la fuite avec elle. Alors qu'ils sont en route vers le Canada, Kate a des souvenirs d'elle et du capitaine Montgomery. Elle vient de comprendre que la cassette audio dont parlait Smith existe réellement et se rend compte qu'elle sait où la trouver. Kate arrive à convaincre Richard de faire demi-tour et de rentrer à New York afin de faire arrêter Bracken. Kate est alors innocentée et arrête elle-même le sénateur Bracken.
