L'histoire reprend quelques secondes après la fin du premier épisode. Kate et Vikram se sont réfugiés dans une planque de drogue saisie par la police. Elle repense au sauvetage de Richard dans l'entrepôt. Vikram le sort de sa rêverie, inquiet pour leur sécurité. Alors qu'ils s'apprêtaient à prendre un peu de repos, elle entend un bruit de verre cassé dans le corridor. Les mercenaires les ont retrouvé et prennent d'assaut les lieux. Une femme vient en aide à Kate et Vikram. Elle se présente à Kate comme étant Rita, la belle-mère de Richard Castle. Étonnée, Kate informe Rita que Jackson n'avait pas parlé d'une épouse. Rita informe que l'information est top secret, car elle et Jackson ont beaucoup d'ennemis. Elle dit à Kate qu'elle travaille pour une agence gouvernementale ultra-secrète mais Beckett a encore des doutes. Elle dit à Kate et à Vikram que s'ils veulent rester en vie, ils doivent accepter son aide. Rita demande à Kate comment Vikram et elle, se sont retrouvés la cible d'une équipe de mercenaire. C'est ainsi que Kate se met à raconter comment elle a reçu l'appel de Vikram et comment tout a commencé : l'appel du matin était un appel à l'aide de Vikram, qui a vu l’ancienne unité de Beckett assassinée après la déclassification par inadvertance d'un mémo des archives mentionnant Bracken. Vikram parvient à récupérer le mémo et trouve le mot "Loksat". Quand Beckett est venue demander des explications à l'ancien sénateur, il a mis en garde la capitaine sur ce qu'elle venait de déterrer.
Dans les bureaux de Richard Castle investigations, Richard et Alexis repassent en revue les informations qu'ils ont. Ils en viennent à la conclusion que la cavale de Kate est reliée avec son court travail à Washington. Castle se demande si Kate lui a caché d'autres secrets. Au même moment, Martha fait irruption dans les bureaux de Richard Castle investigations en compagnie d'Haley. Richard ne veut pas voir Haley, mais Martha et Alexis explique comment Haley a sorti les grands moyens afin de le retrouver. Richard accepte donc à contre cœur l'aide de Haley. Cette dernière, qui se doutait de l'issu de la rencontre, annonce fièrement avoir informer ses contacts afin de retrouver Vikram et Kate.
Au commissariat, Esposito, Ryan et Castle prennent connaissance de la vidéo de la rencontre entre Kate et William Bracken. Ils assistent à la discussion entre Kate et Bracken. Kate demande ce que c'est que "Loksat" et pourquoi elle est devenue la cible d'un commando de mercenaires. Bracken s'affole et lui annonce qu'il sera la prochaine cible. Après l'écoute de la vidéo, Esposito et Ryan conviennent qu'ils doivent questionner Bracken sur la signification de Loksat sans Castle. Les contacts d'Haley leur ont donné un indice. Richard demande à Alexis de ne pas suivre Haley, car c'est dangereux, mais elle lui tient tête. Les contacts d'Haley ont retrouvé la trace de Vikram et Kate au New Amsterdam Hotel. Hailey et Alexis visionnent les vidéos de surveillance. Elles voient ainsi Beckett surveiller l’entrée de l'hôtel pendant que Vikram utilisait la connexion publique pour récupérer le mémo avant de manquer être rattrapé par les mercenaires. Alexis découvre, grâce aux miroirs du bar, l'image du mémo et trouve les mots Loksat 2011BD.
Kate qui a terminé son histoire, interroge Rita sur Loksat. Rita lui répond que tout ce qu'elle sait c'est que la personne travaillent à la CIA et est un puissant analyste, partenaire avec William Bracken grâce à qui lui et Vulcain Simmons ont été protégés de la justice grâce à ce mystérieux homme de la CIA, mais vu son influence, Rita leur conseille de fuir ; Kate et Vikram refusent. Au bureau de Richard Castle Investigations, Hailey, Alexis et Richard découvre Locksat 2011 BD. Ils tentent de déterminer ce que cela peut bien dire. Chacun de leur côté, Kate, Vikram, Castle, Alexis et Hailey parviennent à se faire une idée de ce que veut dire Loksat 2011 BD : un avion permettant de transiter de la drogue avec les moyens de la CIA. Esposito et Ryan découvrent que Bracken est mort en prison. Kate et Vikram se rendent à un aérodrome et trouvent l'avion immatriculé 2011 BD. Mais au même moment, Castle intervient : il a appris d'une envoyée de Washington que Vikram serait une taupe. Kate choisit de croire qu'il ne s'agit que d'une tentative de discrédit de l’analyste. Maintenant qu'ils sont réunis, il reste à retrouver les mercenaires. Castle a l'idée de leur tendre un piège en annonçant révéler l'affaire Loksat au grand public. Les mercenaires tentent alors de tuer tout le monde dans les bureaux de Richard Castle Investigations, mais ils sont attendus et arrêtés.
À la fin de l'enquête, Kate est officiellement entrée en fonction comme capitaine du commissariat. Richard a une sérieuse discussion avec elle à propos de ses mensonges. Après quelques heures de réflexion, Kate fait ses valises et décide de se séparer temporairement de Richard. Elle explique à Richard qu'elle fait cela par amour pour lui. Richard comprend que l'enquête sur la mort de sa mère n'est pas terminée pour elle et qu'elle compte traquer Loksat. Kate quitte alors en pleurant, l'appartement de Richard avec ses valises.